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Der Krankenhausfinanzierung liegt ein duales Finanzierungskonzept zugrunde. Die Investitionskosten werden im Wege öffentlicher Förderung finanziert. Dadurch werden die Krankenkassen und mit ihnen mittelbar - über die Sozialversicherungsbeiträge - die Kosten der Arbeit entlastet. Die laufenden Kosten des Krankenhausbetriebs werden durch die Erlöse aus den Pflegesätzen oder den Fallpauschalen gedeckt.
Fördermittel werden für Krankenhäuser gewährt, die in den Krankenhausplan des Freistaats Bayern aufgenommen sind. Die Mittel werden vom Freistaat Bayern und den Kommunen je zur Hälfte getragen. Der Kommunalanteil wird von den Landkreisen und kreisfreien Städten in Form der Krankenhausumlage erbracht.
Im Haushaltsjahr 2021 werden die Mittel für die Krankenhausförderung vorbehaltlich der Beschlussfassung des Bayerischen Landtags auf dem hohen Niveau von rund 643 Millionen Euro fortgeführt. Der Freistaat Bayern kann außerdem aus dem vom Bund aus Mitteln der Liquiditätsreserve des Gesundheitsfonds ausgestatteten Krankenhaus-Strukturfonds nach § 12a KHG in den Jahren 2019 bis 2024 insgesamt rund 295 Millionen Euro zur Kofinanzierung bestimmter strukturverbessernder Vorhaben in der Krankenhausversorgung abrufen.
Das Bayerische Krankenhausgesetz regelt folgende Förderungen:
Das Bayerische Staatsministerium der Finanzen und für Heimat bewirtschaftet die Fördermittel und ist für die Bewilligung der Fördermittel gemäß Art. 11 - 17 BayKrG, die Nutzungsförderung, die Absicherung von Fördermitteln, den Widerruf und die Erstattung von Fördermitteln nach Zweckentfremdungen, den Widerrufsverzicht beim Trägerwechsel und bei der Übertragung von Krankenhauseinrichtungen sowie für die förderrechtlichen Folgen einer Mitbenutzung zuständig.
Für die Krankenhausplanung, das Pflegesatzrecht, das fachliche Prüfungsverfahren, die Feststellung des Trägerwechsels und die Zustimmung zur Übertragung von Krankenhauseinrichtungen ist das Bayerische Staatsministerium für Gesundheit und Pflege zuständig (Hinweis: bis zum 29. Oktober 2008 lag die Zuständigkeit beim Bayer. Staatsministerium für Arbeit und Sozialordnung, Familie und Frauen).
Die Zuständigkeiten der Ministerien wurden in weitem Umfang auf die Regierungen delegiert.